توسعه و بکارگیری ابزارهای آنالیز ژنتیکی جمعیت های کلونال
تحقیق در مورد ژنتیک جمعیت موجودات میکروبی مستلزم استفاده از تجزیه و تحلیل های تخصصی است که برای ارگانیسم های کلونال طراحی شده است تا از نقض مفروضات مدل های ژنتیکی سنتی جمعیت جلوگیری شود. ابزارهای لازم برای انجام این تحلیلها بهعنوان مجموعهای از نرمافزارهای نامرتبط با قابلیتهای غیر همپوشانی وجود داشتند و همه جنبههای تحلیل را پوشش نمیدادند. این بدان معناست که محققان نه تنها باید دادههای خود را برای هر تجزیه و تحلیل به قالبهای مختلف تغییر شکل دهند، بلکه باید پلتفرمهای محاسباتی را نیز تغییر میدادند، بنابراین در زمان تخلیه میکردند و خطر انتشار خطای انسانی در آنالیز را افزایش میدادند. برای رفع این مشکل، بسته نرم افزاری poppr را ایجاد کردیم که به زبان آماری R نوشته شده است و در همه پلتفرم های محاسباتی موجود است. این بسته برای تجزیه و تحلیل جمعیت های کلونال، تا حدی کلونال و جنسی طراحی شده است و محققان را قادر می سازد تا کار خود را به شیوه ای تکرارپذیر انجام دهند. ما همچنین کاربرد poppr را برای سوالات پاتولوژیک و نظری گیاهی با استفاده از داده های دنیای واقعی و شبیه سازی شده نشان می دهیم. در فصل 4، ما این ابزارهای جدید را برای نشان دادن شواهدی برای حداقل دو منشاء برای شیوع پاتوژن مرگ ناگهانی بلوط، Phytophthora ramorum در شهرستان کری، اورگان به کار میبریم. در فصل 5، ما از poppr برای ارزیابی قدرت شاخص ارتباط با تصحیح کلون استفاده میکنیم و نشان میدهیم که تصحیح کلون پتانسیل کاهش قدرت تشخیص تولید مثل کلونال را دارد. تمامی نرم افزارها و تجزیه و تحلیل های موجود در این کار در چارچوبی باز و قابل تکرار انجام شده و به عنوان نمونه ای از قدرت تحقیقات تکرارپذیر در آسیب شناسی گیاهی عمل می کند.
پروژه شامل پایان نامه انگلیسی و فایل کامل کدنویسی R و محاسبات می باشد.
نصب و راه اندازی
برای نصب قالب حتما زیر موارد را داشته باشید:
pandoc
LaTeX
R >= 3.3.0
RStudio (اختیاری)
RStudio را باز کنید و کد زیر را اجرا کنید:
if (!require("beaverdown")){ if (!require("devtools") || packageVersion("devtools") < package_version("1.6")){ install.packages("devtools", repos = "http://cran.rstudio.com") } devtools::install_github("zkamvar/beaverdown") } install.packages("poppr")
تفسیر
HTML
index.Rmd را در RStudio باز کنید و سپس دکمه knit را بزنید. به طور متناوب، می توانید استفاده کنید:
# In R bookdown::render_book("index.Rmd")
# In the Terminal $ ./render.sh # ---------------------------------------------------------------------- # Rendering HTML # # If you want to render the PDF, set the pdf flag # # ./render.sh pdf # ---------------------------------------------------------------------- # # # # processing file: thesis.Rmd # |.................................................................| 100% # inline R code fragments # # # output file: thesis.knit.md # # /usr/local/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS thesis.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output thesis.html --smart --email-obfuscation none --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template /Users/zhian/R/bookdown/templates/gitbook.html --number-sections --include-in-header /var/folders/qd/dpdhfsz12wb3c7wz0xdm6dbm0000gn/T//Rtmpyw5Xnp/rmarkdown-strd456e0723e9.html --mathjax --highlight-style pygments --bibliography bib/fronteirs_citations.bib --bibliography bib/main_bibliography.bib --filter /usr/local/bin/pandoc-citeproc # # Output created: _book/1-introduction.html
می توانید سند html ارائه شده را با تایپ (در osx) مشاهده کنید:
open _book/1-introduction.html
پروژه مشابه دارید؟
برای ثبت سفارش در سیمیا می توانید از طریق اپلیکیشن سیمیا، یا فرم ثبت سفارش در سایت اقدام کرده و یا از طریق ایمیل، واتساپ، تلگرام و اینستاگرام اقدام نمایید.
اپلیکیشن سیمیا را از بازار و مایکت دانلود کنید.
سریع ترین راه پاسخگویی سیمیا، واتساپ می باشد. لینک واتساپ، اینستاگرام و تلگرام در پایین سایت وجود دارد.
نشانی ایمیل سیمیا simiya_ht@yahoo.com می باشد.
از برقراری تماس برای هماهنگی پروژه خودداری کنید، حجم بالای سفارشات به ما اجازه نمی دهد تا از طریق تلفن پاسخگوی شما عزیزان باشیم، حتما درخواست خود را به صورت مکتوب و از طریق یکی از راه های ذکر شده فوق ارسال نمایید، درخواست خود را به طور کامل و با تمام فایل ها و توضیحات لازم ارسال نمایید تا مدت زمان بررسی آن به حداقل برسد. پس از تعیین کارشناس، در اسرع وقت به شما پاسخ می دهیم.
نقد و بررسیها
هیچ دیدگاهی برای این محصول نوشته نشده است.